Les amygdales (tonsilles palatines), sont placées à l'intérieur de la cavité buccale, dans le fond visible de la gorge. Elles interviennent dans la défense contre les agents pathogènes. Il y a toujours eu une certaine confusion à propos du rôle des amygdales, plusieurs experts médicaux reconnaissent qu'elles ne font pas bien leur travail. Les personnes qui ont eu leurs tonsilles palatines ôtées ne sont pas plus susceptibles de souffrir d'infections bactériennes ou virales que les personnes ayant des tonsilles intactes.
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